退耕还林还草、天然林资源保护工程等生态修复工程，投资持续时间长、覆盖规模大、社会影响深，在国土绿化、植被恢复、水土流失控制方面发挥了重要作用。生态修复工程担负着提供更多优质生态产品，以满足人民日益增长的需要的重要职能。
根据西北农林科技大学资源经济与环境管理中心课题组监测结果，生态修复工程运行管理过程存在一些突出问题，集中表现为工程实施管理效率偏低。一些地方的生态修复工程规划质量不高，普遍缺少针对不同类型区域的生态修复技术规程和管理规范。其次，监督管理体制不完善，林业生态修复工程的规划实施管理过程缺乏开放度和透明度，导致工程实施效果大打折扣。调研中发现，一些地区
“补助资金价值与生态价值”间的转化率较低，财政资金的使用效率亟待提高。
在贯彻新发展理念，全面推进生态文明建设过程中，应高度重视提高生态修复工程实施的管理效率。为此建议：
理顺生态修复工程管理体制，整合生态修复工程资金。生态修复工程实施管理具有区域综合性，涉及农业、林业、水利、国土、环保等部门。按照部门分工实施生态修复工程，难以突破各自为政、协作整合不足的“监管困局”，导致一些地区的不同生态修复工程交叉重叠严重、生态修复效果重复计算等问题。因此，应按照大部制改革框架，聚焦管理体制固化问题，突破政府部门分割格局，理顺生态修复工程管理体制，按区域、依规划整合生态修复项目和资金，解决工程项目过度交叉、严重重叠问题。强化中央的生态修复工程实施规划规制功能，完善国家监察与问责机制，同时引入第三方评估监督机制，确保项目质量和财政资金效率。
推广政府部门采购制度，更好发挥市场作用。生态修复工程是民生工程、公共产品供给模式，近年来生态修复与治理领域的专业公司、科研院所、大专院校成长很快，具备提供生态修复工程实施的技术支持方案和管理方案能力，开放这类项目的市场环境已经成熟。问题的关键是，需要基于生态环境脆弱典型区域、生态安全重点区域进行先行先试，为探索构建政府采购生态产品的制度奠定基础；为探索构建政府、行业组织、市场主体相结合的生态修复工程实施的监管机制积累经验。如此，既可促进政府职能转变、打破部门壁垒，又可引导社会资本、科教机构技术、行业组织治理方案进入生态服务市场，培养一批生态服务产品供给主体，提高生态修复工程项目实施效果与财政资金效率，进而提高生态服务供给质量。
坚持保护优先和自然恢复为主方针。实施生态修复工程必须尊重、顺应自然，充分发挥自然修复功能，才能事半功倍。事实上，随着人口城镇化，许多地区只需封山禁牧即可恢复植被，但需要借助有效的监测评估手段。因此，应健全全国土地覆盖数据库，重视应用现代信息技术手段，动态监测自然修复与工程措施修复生态系统的区位差异，为有效决策生态修复方案和客观制定生态补偿标准奠定坚实基础。
